@Sergio: Seguramente el menú esta hecho con javascript y responde a eventos. Cuando lo actualizas mediante ajax, los manejadores de eventos no se asocian al nuevo html.
Estas usando jQuery o algún otro framework? Mostranos algo de código.
Saludos.
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Cargar Variables Ajax
Por Sergio Barbosa el 29 de enero de 2012 en los siguientes foros: AJaX