Un lenguaje de shell scripting es muy portable, ya que (si está bien escrito) puede correr en cualquier sistema Unix/GNU. Además, para tareas de sysadmin, que involucran mucho manipulación de ficheros y comunicación entre procesos, es ideal. Ya que fue hecho justamente para eso.
Sin embargo, todos sabemos que Perl es mucho más poderoso para el procesamiento de textos, y sus PCRE mucho más complejas y poderosas que las de POSIX... Por lo que, en lo que a procesamiento de textos se refiere, usaría Perl cuando necesite procesar grandes cantidades de texto, pero ni se me pasaría por la mente usarlo para hacer algo que puedo hacer con AWK o SED, ya que estaría solamente agregando un montón de overhead innecesario.
Se pueden hacer muchas cosas más con Perl, claro. Y además está lleno de excelentes librerías libres por ahí (pero ojo, esto juega en contra en cuanto a portabilidad se refiere).
Como estamos hablando de tareas de sysadmin, mi conclusión (tal vez algo subjetiva) es usar Bash (ya que es más nativo para manipular ficheros, procesos, etc.). Y en los casos en que se requiera manipulación de datos estructurados o procesamiento de textos en grandes cantidades, usar Perl.