Vas a la paleta Services, luego a Databases y ahi conectas con el servidor que te interese. Luego haces click derecho y seleccionas Crear Base de datos. Que yo sepa es todo lo que se puede hacer desde netbeans, no podes crear tablas ni nada parecido (aunque quizá permita ejecutar scripts sql con lo que si podrías, pero desconozco).
Saludos.
Navegación
como desarrollar una base de datos en netbeans
Por gabriel angel antonio el 10 de noviembre de 2010 en los siguientes foros: Java